9-10月份降雨量及阴雨天数是发病的关键：玉米收获期及收获后由于秋雨连绵，造成农户对果穗不能及时收获和剥皮晾晒，给病菌的发生发展提供了良好的湿度条件，1999-2005年9-10月沈单10发病程度(y)与降雨量(x)的关系经回归统计分析：y=-0.751+0.311x，相关系数r=0.908>P0.01=0.874，说明x与y之间存在着极显著的相关性 。
温度条件适合病菌的生长发育：据资料介绍[2.4-5] ：小麦赤霉病菌生长发育温度4-32℃，空气相对湿度80%-100%时发育最好;分生孢子在湿度条件适宜时，8℃左右即可产生，以25℃时产生速度最快 ， 温度低于4℃，发芽速度极慢，至少需要1d以上;形成子囊孢子的最低温度9-10℃，子囊孢子萌发的温度范围4-35℃，以25-30℃为最适宜温度 。而庄浪县9/下 -11/上是玉米成熟到果穗晾晒期，该段时间历年逐旬平均气温12.6-6.5℃，能够满足病菌生长发育 。如果果穗堆积在一起，呼吸过程中产生的热量更有利于病菌再侵染，扩大病害程度 。
玉米螟为害严重的地块发病重：在调查中发现，凡被玉米螟为害的果穗或茎秆 ， 穗腐与茎腐同时发生，经济损失重 。经统计分析，穗腐病发生率(%、y)与玉米螟虫株率(%、x)呈y=axb幂函数曲线关系[12 。13]，y病=1.3712x0.9549虫 ，F=323.82**>F0.01=10.04，回归关系极显著;玉米螟防治与不防治的穗腐病发生率(%)经t测验，t=5.589**>df0.01=3.106的极显著标准 。这是因为玉米螟钻蛀所排粪便污染了茎秆与穗轴 ， 给病菌的滋生提供了有利场所 。
发病程度与种植方式和播期有关：根据调查，地膜覆盖种植的沈单16第1果穗发病率18.5%，第2果穗发病率31.3%，分别比露地发病率低16.1.19.2个百分点;“谷雨”前播种并1次全苗的沈单10发病率21.7% ， 比“立夏”后补苗的发病率低21.6个百分点 。总结其发病率低的原因是地膜覆盖和适期早播，能提早玉米的成熟期 ， 使易感病品种的穗轴和籽粒含水量较低的缘故 。
防治措施玉米穗腐病的初侵染来源广，湿度是关键 ， 因此在防治策略上，必须以农业措施为基础 ， 充分利用抗(耐)病品种，改善贮存条件，农药灌心与喷施保护相结合的综合防治措施 。
1.选用抗病亲本(制种)或品种
建议科研单位、制种企业选用对穗腐病具有优良抗性的亲本及组合 ， 建立无病制种基地，培育健康种子 。同时县市种子公司、农技中心在玉米新品种引进试验中 ， 应把对该病的抗性列为鉴选重点，对抗性差的品种不予引种;庄浪县应在推广抗病品种中单2号、酒单2号、酒单4号的基础上 ， 积极引进高产、抗病的新品种 。
2.地膜覆盖，适期早播
采用地膜全覆盖或半覆盖、适期早播可使玉米提早成熟 ， 降低感病品种的穗轴和籽粒含水量，能有效减轻收获和贮存期的病菌感染 。
3.及时剥掉苞叶，防雨淋湿受潮
玉米收获期多秋雨，收获后的果穗不要堆集过厚，应及早剥去苞叶，打结成串挂在通风向阳处晾晒，对不能打结成串的果穗应摊薄晾晒 ， 并经常翻动，防止受热而发病 ， 如有降雨及时遮挡，防止雨淋 。折断病果穗霉烂顶端，防止穗腐病再新扩展
在剥苞叶过程中，对发现有病的果穗 ， 应在发病与健康交接部位折去霉烂的顶端，防止病害进一步扩展，增加损失 。据试验观察：果穗受雨淋不剥苞叶堆积3d，果穗顶端霉烂长度由3cm扩展到7cm;剥掉苞叶如不清除病果穗顶端霉烂部分，在脱粒前期，穗腐病还会由5cm扩展到15cm;对果穗霉烂部分清除不彻底，脱粒前期 ， 穗腐病还会扩展2-5cm;而清除彻底干净，穗腐病就不在发展 。
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