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2、卡方检验、T检验 F检验、方差 分析、Z检验卡方检验是一种广泛使用的基于卡方分布的假设检验方法，属于非参数检验的范畴，主要比较两个或两个以上的样本率(构成比)以及两个分类变量之间的相关性分析 。以手术为例:例如两组大鼠在不同致癌物作用下的癌症发病率如下 。两组有什么区别吗？(5219393)这四个数据是整个表中的基础数据，其余数据都是从中计算出来的；这种由四个单元格组成的表格称为fourfoldtable，即2行2列(2× 2邻接表格) 。
卡方检验可以用来区分差异是否具有统计学意义 。测试的基本公式为:其中A为实际数，以上四个表中的四个数据为实际数 。t是一个理论数 ， 从检验假设中推断出来；也就是说，假设两组癌症发病率没有差异，差异只是抽样误差造成的 。在这里，两组的总癌症发病率可视为理论癌症发病率，即91/11380.3% 。基于此，可以计算四单元表中相应四个单元的理论数量 。
3、【比较基因组学】基因家族扩张与收缩 分析【msa分析例子,Msa分析】前言:由于最近几个物种的基因组项目陆续被接手，这也是盛鑫分析里的一大块 。最基础的就是组装和标注(当然我们实验室也做组装方法论的研究) 。现在随着很多物种基因组的发表，纯基因组想要发表一篇没有小说故事的好文章是相当困难的 。看最近关于基因组的文章 ， 尤其是已经发布的物种，似乎都在炒作泛基因组/SV的概念 。因为我们是多倍体物种，所以更多的参与多倍体进化，物种比较等等 。
我先介绍一些概念 。直系同源物是来自两个物种的最后共同祖先(LCA)中的单个基因的一对基因，直系同源是同源基因，是物种形成事件的结果 。旁系同源基因是重复事件的结果，从下图可以看出，不同物种间的alphachaingene都是直向同源 。
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