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go富集分析原理,KEGG富集分析原理

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如何理解基因富集 分析和富集？单细胞富集 分析-3:Go和KEGG 富集 分析和绘制单细胞富集分析 。我通常使用分组GSVA ， 但我最近使用GO 分析，所以我将复习GO和KEGG 富集 分析，以及绘图，go 富集和kegg 富集的区别一直不清楚，除了基因富集投入代谢 。

1、GEO数据挖掘小尝试:(三Install clusterProfiler:对于未转换的geneID，cluster profiler还提供了bitr方法来转换ID:可以看到，这里转换后的ID对应的文件来自于包org.Hs.eg.db .启动前富集 分析 ， 看看GO和KEGG 富集 分析:导入数据，这是一个这里需要用到的只是entrezID列和最后一列(logFC):由于Cluster Profiler富集分析推荐的输入文件是EntrezID，所以这里提取EntrezID 。接下来可以进行到富集分析:KEGG path富集函数用法类似于GO 富集 分析方法:Kegg/我们继续使用上面的数据 。:本文使用clusterProfiler中的GSEA函数来实现GSEA 富集 分析，并与使用超几何分布富集(enricher函数)的结果进行了简单的比较 。enricher函数的用法和GSEA函数基本相同，这里只给出GSEA的用法和参数 。

2、详解GO的层级关系在 富集 分析中的应用对于Geneontology，目前有20000多个Gotrems 。在富集 分析之后，我们可能会得到数百甚至数千个富集 GOterms，这样的数据量对于人工检索来说仍然是一项艰巨的任务 。为了有效利用GO富集-2/的结果，我们必须再次对结果进行筛选 。所有GO的层级关系如下图所示 。这种结构称为有向无环图DAG 。

3、统计|结合clusterProfiler理解GO 富集 分析entrez edid 207 Ensemble 239 symbol 2071)因为库中Ensemble的多个id会对应同一个entrez，所以四个值都比较大 。2)entrez和Symbol在db中可能是一一对应的？，所以结果完全一样 。3)Y叔建议你尽量不要用SYMBOL作为enrichGO 。OrgDbselect，将所有entrez ids作为查询，提取目标信息 。
【go富集分析原理,KEGG富集分析原理】
4、GO和Pathway 富集 分析的背景基因集 function (GO)或path (-0/分析)，会涉及到后台；在做分析时,分析工具会提供一些数据，供用户选择或使用定制的genelist 。例如，在RNAseq或微阵列中；；有时候工具提供的背景是物种的所有基因，现在自己构建背景也没有同样的标准 。#背景构建方法:#两个概念 例子背景频率:背景基因集包含注释到一个GOterm的基因数量 。

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