常用的linux命令后端

常用的linux命令 1. 命令逻辑
在liunx中几乎所有命令以及软件运行的逻辑，都是
命令或者软件名开头+具体运行参数+文件名
命令逻辑（格式）：
命令 + 参数 + 文件

options parameter filename 例子1： tar -zxvf data.tar.gz 例子2： bowtie -v 0 -x 参考基因组 -1 reads1 -2 reads2 -S 输出文件在例2中， bowtie为命令; -v,-x,-1,-2,-S都为参数；参考基因组，输出文件，reads1/2为文件

2. 命令快捷键

pwd:print working directory 显示工作目录cd:change directory 切换目录ls:list information about the files 显示当前目录文件信息. :当前目录..:上级目录~ ：家目录/ :根目录或者目录分隔符Tab：补全Ctrl C : 终止任务 #遇到刷屏的时侯，很有用Ctrl U : 剪切光标位置到行首的字符Corl K : 剪切光标位置到行尾的字符Ctrl L : 清屏Ctrl E : 回到行尾Ctrl A : 行首Ctrl W : 剪切一个单词Ctrl Y ：粘贴Ctrl Z : 暂停任务

3. CD命令（切换文件夹）

cd##切换到上层目录相对路径cd ../..##切换到上上层目录相对路径cd /##切换到根目录cd /bin ##切换到根目录下的bin，绝对路径cd ~##回到用户家目录 cd##同上 cd -##返回上一次的工作目录

4.ls 显示当前目录文件信息

-a ##列出全部文件，包括隐藏文件 -l ##列出目录详细信息 -h ##将目录容量转换为人类易读方式 human -s ##以文件大小排序 size -t ##以时间排序 time -R ##递归目录列出文件 -d ##显示目录本身，而非目录下文件、我常用：ls-ltAh 每次输很麻烦，可以将这个命令写入到.bashrc文件中，以后每次输入lr就可以了，如下图。 vim ~/.bashrc alias lr='ls -ltAh --color'

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【常用的linux命令】### 5.建立文件夹或者文件

创建文件夹： mkdirmake a directory mkdir fileName创建文件： touch 摸出一个文件，空格连续创建多个文件夹 touch 2 3 4 5 > 标准重定向符允许我们创建一个 0KB 的空文件。 vim fileName

6. 文件命名规则和方式

规则：不要用 / ，所有的字符都合法。空格符、制表符、特殊字符 @$ & ( ) - 等，最好不要用。方式：连字符间隔 my_first_type 蛇形命名 myFirstName 一般用连字符间隔更好一点，避免出错

### 7.文件移动删除复制命名

- 移动mv filename路径 - 重命名 mv file file2 - 复制 cp filename 路径 - 删除 rm 文件名 - 批量删除 rm -rf *共有文件名部分 - [-f]## force 强制删除 - [-i]## 在删除前提醒 - [-r]## 删除文件夹例如 rm -rf *fastq 删除所有以fastq结尾的文件。

8.创建软链接

- 相当于创建快捷方式 - ln link 链接 - 软链接（常用） - 硬链接（默认） - 常见参数：不加参数为硬链接加 -s 软链接 - ln -s 路径(绝对路径) - ln -s 目标文件目标路径

9.文件夹和文件管理

- tar : tape archive 压缩或者解压文件 - -c##创建新的压缩文件 - -x##解压缩 - -f##输出结果到文件或设备 - -v ##在处理文件时显示进度 - -j##输出bzip2 - -z ##输出给gzip -解压（常用） - tar -zxvf压缩包名 - tar -zxvf *tar.gz (批量解压)- 压缩（常用） - tar -zcvf压缩后的名称待压缩文件名

10. 文件查看

- cat -A ## 列出所有内容 -n ## 打印出行号 -b ## 参数仅打印出非空白行号 cat >file[>重定向]看到的输出的一个文件里 cat >>file 不覆盖原文件内容，添加内容到文件里 - zcat 查看压缩文件 - tac 逆向查看 - head 看头十行-n ##参数看多少行 - |管道符 ## 前一个命令结果输出到下面命令 - tail-n 100 ##看后100行,默认10行- more 主页查看空格翻页，回车换行。- less - -N 显示行号 - -S 单行显示 - zless 查看压缩文件[[#^ua4qw9]] - q 退出 - 空格翻页 - enter 下一行 - 上下左右查看文本内容常用 less -ns单行查看并且显示行号

11. 文本查看操作统计

- wc 统计文本 words count - -l 统计行数 - -w 统计字符串数 - -c 统计字节数 - cat fileName | wc -l- cut #####文本切割 - -d ## 指定分隔符默认 \t (制表符) - -f ## 输出哪几列（字段fields) 5，1-3 - less -NS 文件名 | cut -f数字（第几列） - less -S 文件 | cut -d 'F' 1 cat NPB_bwa_clean.out | cut -f 98,698 > NPB_bwa_clean_600line.bam- sort #####排序 - -n 按照数值从小到大排序 - -V按照字符串中含有的数值进行排序 - -r 逆向排序 - -k 指定区域 - -t 指定分隔符- uniq :####去除重复行（只能去除相连的重复） - -c 统计每个字符串连续出现的行数 - cat file1 | cut -f 3 | sort | uniq -c- paste #####文本合并（合并到文件的右边） - -d 指定分隔符 - -s 按行合并 - cat 文件1 文件2 > 文件3 用于文件拼接

12. 文件字符编辑

- tr #### 字符替换 - -d 删除指定字符 - -s 缩减连续重复字符 - cat 文件名 | cut -f 4 | head | tr ' ' '\t'（把空格替换成tab键）- grep 文本搜索工具，可以使用正则表达式匹配模式搜索文本，并把匹配行打印出来 - -w word精确查找某个关键词 - -c 统计匹配成功的行的数量 - -v 反向选择，即输出没有没有匹配的行 - -n 显示匹配成功的行所在的行号 - -r 从目录中查找pattern - -e 指定多个匹配模式 - -f 从指定文件中读取要匹配的pattern - -i 忽略大小写正则表达式是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先定义好的一些特定字符，及这些特定字符的组合，组成一个 ”规则字符串”，这个“规则字符串”用来表达对字符串的一种过滤逻辑。 - ^行首 - $ 行尾 - .换行符之外的任意单个字符 - ？匹配之前项0次或者一次 - + 匹配1次或者多次 - * 匹配0次或者多次 - {n} 匹配n次 - ｛n,｝匹配至少n次 - ｛m,n｝至少m,最多n - [] 匹配任意一个 - [^] 排除字符 - | 或者- cat fileName | grep '^A' - cat fileName | grep ')$'流编辑器一般用来对文本进行增删改查（直接显示屏幕上） - sed -选项‘脚本’文件名 - -n 禁止显示所有输入内容，只显示经过sed处理的行 - -e 直接在命令模式下进行sed的动作编辑，接要执行的1或多个命令 - -i 直接修改读取的文件内容，不输出 - script 脚本 - 2 取第二行 - 2,4 取第二行到第四行 - 2，$ 取第二行到最后一行 - 2~3 从第二行开始，每隔三行取一行 - 2，+4 取第二行到2+4行 - /pattern/ 匹配上 pattern 的行 - [!]表示否定 - a: append 在指定行**后**添加一行内容为 a 后面接的字串 - i: insert 在指定行**前**增加一行 ,内容为 i 后面接的子串 - -d: delete 删除某一行或者某几行，也可指定删除匹配上的行 - c: change 改变指定行的内容 - s 替换使用格式为 ’s/pattern(要替换的字符)/new（字符）[flags]' 把pattern替换成new，默认只替换一个，可以指定flag替换多少 - y 转换实现字符一对一转换格式 ‘y/inchars/outchars/' - p: print 把匹配或者修改的行打印出来，通常与-n联用- sed提取某一行 sed -n '1,10p' > a.txt- 统计特定字符串出现的次数grep -o targetStr 文件名 | wc -lgrep -o targetStr_1\|targetStr_2\|targetStr_3…… 文件名 | wc -lawk -v RS="@#$j" '{print gsub(/N/,"&")}' 文件名

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