非法证据排除的举证责任可以分为两个阶段 。第一，犯罪嫌疑人或被告人有举证责任提供非法证据排除的初步证据 。司法解释规定“当事人及其辩护人、诉讼代理人向人民法院申请排除以非法方法收集的证据的，应当提供涉嫌非法获取证据的人、时间、地点、方法、内容等相关线索或者材料 。”比如“相关线索”是指被告人明确表示某讯问人员在特定时间在看守所外特定地点对其实施了刑讯逼供，被告人及其辩护人提供的关于在押人员及其他在场人员的能够证明非法取证的信息，等等 。“相关材料”主要是指被告人及其辩护人提供的医院病历、看守所体检证明、被告人体表伤痕、衣服等；看守所监管人员、看守所在押人员反映被告人遭受酷刑的书面证言等 。这是举证责任的转移 。被告人要证明非法取证造成了严重后果，严重影响了司法的公正形象，有可能导致获得的物证不真实、不可靠 ， 甚至造成冤假错案 。
其次，如果被告人能够证明非法收集物证“可能影响司法公正”，举证责任将回到侦查机关和公诉机关 ， 公安机关和检察机关有排除非法证据的举证责任 。公安机关作为刑事诉讼的发起者和证据的收集者，排除其非法取证的可能性不大 。相比之下，检察机关作为刑事诉讼举证责任的承担者和诉讼程序的监督者，需要对庭审取证的合法性承担举证责任 。一旦举证不能 ， 或者举证要求达不到法律层面，我们就要承担证据被排除的法律后果 。同时，《刑事诉讼法》第五十七条规定，“人民检察院接到举报、控告、举报或者发现侦查人员采用非法方法收集证据的 ， 应当进行调查核实 。采用非法方法收集证据属实的，应当提出纠正意见；构成犯罪的，依法追究刑事责任 。”最后，法院作为非法证据排除的裁判者 ， 有告知义务，并主动调查核实 。司法解释规定“人民法院向被告人及其辩护人送达起诉书副本时，应当告知其申请排除非法证据 ， 应当在开庭前提出，但在开庭审理过程中发现相关线索或者材料的除外 。”司法解释规定“人民法院对证据收集的合法性进行调查后，应当将调查结论告知公诉人、当事人及其辩护人、诉讼代理人 。”也就是说，法院有排除非法证据的认定义务 。
非法证据的排除方式具有多样化的特点 。《刑事诉讼法》第一百二十三条规定，“侦查人员讯问犯罪嫌疑人，可以对讯问过程进行录音或者录像；对可能判处无期徒刑、死刑的案件或者其他重大刑事案件 ， 应当对讯问过程进行录音或者录像 。或者全程进行录音录像，以保持完整性 。”伴随录音或录像能够真实还原侦查机关的取证过程，其客观性毋庸置疑 ， 是一种直观有效的证明方式 。同时，刑事诉讼法第五十九条规定，“人民检察院在法庭调查证据收集的合法性的过程中，应当证明证据收集的合法性 。”人民检察院可以向法庭出示、宣读讯问笔录，提交看守所管教人员谈话记录、住监员笔录、在押人员证言、被告人入所体检表、侦查机关的说明材料等证明证据收集的合法性 。
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