西方近代科学有强烈的还原主义的倾向，把各种现象全部归结为物理现象并量化 。自然的整体在公式化的过程中被过滤、拆卸、成了失去感性光辉，失去整体性的符号系统 。人们对世界不再追求理解和解释，公式成了理论的全部内容 。
这种思想的指导下，医学很容易把人看成符号和数据，而不是活生生的，有情感、思想，有家庭、有社会关系的人 。那把人当作人来看待的要求，被看成是医学伦理的要求，而不是与医学实践有任何内在关系的部分了 。医学诊断相信的是检测到的数据，而不是病人自己的感受 。
而与此相对的中国传统的世界观，是生机论模式的（Biogenerative model） 。按照这个模式，每个事物都有它内在的“性情”，都有其无法归原为数量的特殊性，而且每个事物都与环境构成特殊的关系，离开这些关系就没法对一个事物有恰当的理解 。反映在中医理论和实践上，就是中医的尊重个体的特殊情况，通过调节人的各方面的机制，达到内在和外在的和谐，而不是从外部去摆布对象的治疗方法 。其方法不仅包括中草药、针灸、推拿，还包括心理咨询、社会关系的调节，甚至包括道家的“无为”和儒家的“诚”那样的修身方式，从而达到“化”（transformation）的目的 。
近代科学的另一哲学基础，是实证的经验主义 。不但是只能由感官所直接或间接观察得到的才被看作有认知价值，而且观察所得来的材料只有具备可重复性的才被算作科学知识 。每个个体只有它的可被经验重复观察到的方面才被纳入认识范围 。这样的要求当然是为了排除错误的可能性，为了保证得到的结论的客观性和可靠性 。但是如果要求经验的材料必须是所有的人都能观察到的、是可以重复的，那就把经验的范围大大缩小了 。
不应把近代科学体系原则绝对化
有些现象很可能是要训练有素的人才能觉察到的，由于事物的广泛联系、千变万化，没有任何一个事件是可以严格地被重复的 。所以，可重复性的要求本身是建立在把事物孤立、片面地看待的形而上学之上的 。与物理状态相比，心理状态和社会条件显然更加难以重复，难以放到实验室里进行验证 。
如果在要求可重复性时不对更多的变量予以考虑，要求中医只看某些症状，做成片剂或者针剂的中成药，那就无异于要求中医放弃自己的特长 。
我一个朋友在美国从事中医治疗帕金森氏症的研究，医院规定她不准对不同的病人用不同的方子，理由是这样就没法统计其疗效！这个理由，在近代科学体系的框架里来看，固然很“科学”，但把该体系的原则绝对化，否认每个事物的特殊性，按蒲辅周的话来说，“执死方治活人”，是否符合科学精神？
中医有自己的一套概念和推论方法 。不能仅仅因为自己不懂另一套范式，就说它毫无价值，把近代西方发展起来的科学体系看作绝对的标准本身 。中医要么就被看作不科学、伪科学，要么就被改造得面目全非，成为“拼接在西方现代临床医学上的‘文化补丁’” 。
在这种框架下的“中医科学化”，中医没法不变味，没法不被“科学”所肢解、改造 。这样的科学化道路会严重阻碍中医的科学化！中药很可能就不适合仅仅用植物化学方法来研究，中医的临床效果也很可能本质上就不适合仅仅靠统计指标来衡量 。
整个科学研究（包括社会科学）和贯彻科学发展观的实践，都需要区分上述两种科学概念 。一方面要充分发挥近代科学体系的特长，另一方面要看到我们的科学活动不应当把近代科学体系奉为圭皋，要认识到它的局限性，而这正是科学精神所要求的 。
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