考古队员顺着潜水绳下潜，以防偏离遗址点或被洋流冲走 。岸上有专岗负责协助记录潜水员装备参数、入水顺序、出入水时间、海底停留时间以及天气、海况等信息，若出现突发危险及时发出警报 。
作为副领队的阮永好说，在深海中，人的反应要比在陆地迟钝许多，队员们需要在短短半小时内进行清理、编号、测绘、摄影摄像和物件提取等工作，作业难度颇大，也非常考验团队的默契 。
在前期的大多数时间里，队员们主要任务是清理覆盖在沉船上的泥沙 。“去年的水下调查后，为保护水下文物不被海流泥沙侵蚀，考古队用沙袋进行了回填保护 。但跟去年相比，遗址变化还是蛮大的，都被泥沙覆盖了，沙袋上也长满了附着的海洋生物 。”考古队员陈浩说 。
水下考古也需严格按照考古工作流程布设探方 。海船水下遗址被考古人员细致地划分了若干个工作区域，用代号来表示，分别是0、北1、北2、南1、南2等，划分的依据是船舱的位置 。初步发现的船体残长13.07米，最宽处3.7米，舱宽一般为1.5米，最宽的北3舱宽度达2.6米 。
令人欣喜的是，在最近的考古发掘中，队员们又新发现了两道隔舱板 。这也意味着，该沉船目前发现有八道隔舱板，推测至少有九个船舱 。
“在水下的每一步发掘面貌都需要被记录 。”担任此次水下考古摄影师的孙少光说，“因为肉眼在海底的视线范围很有限，能见度仅有一米多，需要利用水下摄影对遗址的外观和细节一一记录，然后拼出完整的遗址分布图，这是考古中非常重要的参考 。”
此外，考古工作中不乏科技力量“保驾护航”，如借助合成孔径声呐、多波束声呐等新型设备对遗址进行高精度测绘 。“如今的设备条件比早年好多了，包括氧气装置、水下定位等都已更新换代 。”梁国庆说，也有不少水下考古器材是考古队自制的，比如改造出小型水下吹泥设备、文物筛选架等 。
根据考古发掘调查结果显示，遗址周边散落较多瓷器，其中海船船体周边10米范围内为文物密集区，面积不低于300平方米，且大多数为完整器 。
阮永好说，在提取文物时，要高度注意器物的安全，若遇到较为脆弱的水下文物，则不能直接打捞上来 。此次提取使用到一种由环氧树脂和碳纤维布结合的新型材料，对水下文物和周围环境进行打包提取，以便从中获取更多历史信息 。
重现宋元海上商贸盛况
目前，从圣杯屿沉船打捞上岸近1700件瓷器，已经陆续移交给漳州市博物馆保管 。与此同时，漳州市博物馆正在进行的“海贸明珠——漳州圣杯屿元代海船遗址水下考古成果展”，第一次向世人展出首批采集到的出水文物 。
“从打捞上来的瓷器形制基本可以断定，这些瓷器与元代晚期浙江龙泉窑的外销瓷高度吻合 。”梁国庆说，根据所掌握的情况，圣杯屿海船遗址是我国目前已发现的保存较好的元代海船遗址，出水文物主要是元代龙泉窑青瓷，数量众多，类型丰富 。
在漳州市博物馆展出的文物中，约有320件来自圣杯屿元代沉船的龙泉窑瓷器 。器型以碗、盘、洗、碟为主，少量盏、高足杯等，其中不乏精品 。
透过展览橱窗可见，一件青釉双鱼洗小巧精致，是圣杯屿沉船出水的精美瓷器之一，备受观众喜爱 。这件文物仅有巴掌大小，特别的是内底模印两条游鱼，活泼灵动，饶有情趣 。与它造型同款的另一件“洗”，内底的游鱼消失不见，被一块砖红色胎体取代 。这处砖红色斑点，在专家看来，正是700年前圣杯屿海船遗址的时代印记 。
打捞上来的高足杯，也是元代较为多见的流行器具 。这与蒙古族的生活习惯有密切关系，他们喜欢在马上执足饮酒，所以高足杯又名“马上杯” 。只见高足杯青绿釉泛灰，通体冰裂纹，外壁上五条横线连贯周围，再加三道类似音符的短斜线点缀 。专家称这种纹样为“五线谱纹”，是典型的元代特征 。
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