在痰湿的论治中，石筱山结合损伤的特点，特别强调与脾肾的关系 。张介宾曾指出：“夫痰即水也，其本在肾，其标在脾 。在肾者 ， 以水不归原，水泛为痰也；在脾者，以食饮不化，土不制水也 。”故主张其治宜温补肾阳 ， “补火生土”以化散痰结 。
宗前贤之说，石筱山治理痰湿亦每将化散之法与温补脾肾之阳相结合，以自拟化散痰湿之方“牛蒡子汤”为主合补中益气汤、金匮肾气丸等相参运用，而使痰湿阻滞渐消 ， 气血失和日调 。牛蒡子汤乃牛蒡、白僵蚕、白蒺藜、独活、秦艽、白芷、半夏、桑枝等组成 。牛蒡子豁痰消肿 ， 通十二经络 。《本草备要》曰：“散结除风……利腰膝凝滞之气 。”白僵蚕化痰散结，《本草思辨录》曰：“治湿胜之风痰” 。若痰湿甚者 ， 尚可加入制南星，疗效更著 。
创内伤新说 ， 分部论治
内伤乃与外伤相对而言 。外伤因在皮肉筋骨，往往有青肿瘀紫等症显现；而内伤因在气血经络脏腑，多无外形异常可见 。但人乃统一的整体 ， 内外相连而不能绝然分开 。《正体类要》序曰：“肢体损于外，则气血伤于内，营卫有所不贯，脏腑由之不和 。”明确提出了内伤的范畴，即气血、脏腑、经络受损 。
石筱山全面发展并完善了中医伤科内伤学说 ， 从病因、病机、辨证施治、理法方药等方面作了系统的阐述 。他指出：“在祖国的伤科中，并不是专治骨折和脱臼，另外还有人民群众所熟悉的内伤 ， 所以人民群众不把‘伤科’单称作‘骨科’，而一定要叫伤科，就因为还有内伤的因素包括在内 。”
石筱山创立伤科“内伤”新说，认为内伤辨病，则应在整体观指导下分部位而论，有头部、**、腹部、腰部等内伤之称 。对头胸腹之内伤 ， 不论其新伤宿损，或虚实之证，总与肝经相系 。前贤有“跌扑损伤，败血必归于肝”的论述，故施治时均主以肝经药物，尤善运用柴胡 。他认为：“柴胡乃和解之药，能升能降，通肝胆之经 ， 只要善于使用，上中下三部之病均宜入方 ， 为医治内伤之要药 。”如治疗头部内伤的代表方有柴胡细辛汤、天麻钩藤饮、防风芎归汤等，疏肝理气、祛瘀生新、调和升降为主 。
胸肋与胁肋内伤 ， 成因皆由强力屏气所致为多，然胸肋之伤乃属于太阴经，症现胸满而痛 ， 难于呼气 。胁肋之伤 ， 乃败血留于足厥阴经，胁肋痛胀，难于转侧，艰于吸气，故胁肋伤者，当调肝和营 ， 偏于伤气者用柴胡舒肝散，偏于伤血者以复元活血汤出入 。若瘀结成形者 ， 须加剔络之品，若胸肋伤者，当参以理气宣肺 。若阳气沸腾，迫其阳络而溢者，须增入清降为宜 。
治腰部内伤，要分清劳伤与劳损之不同 。所谓劳伤者，多起因于伤力，往往由于操劳持久 ， 积劳而损伤 。若劳伤不愈，遂成劳损 ， 引叶天士《临证指南》所曰：“劳伤久不复元为损 。”以此明确劳伤与劳损的概念 。在治疗上则着意于劳伤与劳损的调治，以温补肾经与脾胃为法，常选补中益气汤合金匮肾气丸加减变通 。至于会阴为物所击致所谓海底伤，尿道受损 ， 小便带血，当通厥阴之气，分利清浊 。睾丸致伤，每致瘀滞至结，当从化坚祛瘀为治，常采用柴胡桔梗汤加减 。然则内伤证多，苟能触类旁通，可以应变无穷矣 。
善外治之法，三者兼通
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