windows系统做生信的简单介绍

学习生物信息学,需要配置怎样的电脑呢?首先的问题的是 , 我们需要什么样的计算机 。
关于硬件:
需要至少4G内存,最好可以达到16G以上内存;
至少500G硬盘空间 。通常一个RNA-seq的数据量为20G左右,如果再加上分析之后的结果 , 可能达到50G,所以即使你有500G的空间,也分析不了几组数据 。所以硬盘空间越多越好 , 比如说2TB或者使用高速网络存贮界质 。
CPU , 至少2核 。因为你在运行程序时,通常100%占到CPU,如果没有2核 , 计算机多半会假死在那里 。如果有8核,或者以上更好 。
GPU , 很多程序开始使用GPU运算,如果能有好的GPU显卡,也是推荐的,但不是必须的 。
为了达到以上的条件,入门极的比如说Mac Pro 。进阶级的就是独立server , 高级的是supercomputer clusters,支持qsub之类的 。或者可以购买云计算服务 。
对于操作系统,在工作站方面,推荐Mac OS 。它运行稳定,与LINUX同源 。需要下载安装Xcode和wget就可以了 。当然你还可以很方便的安装office办公软件,以及photoshop , AI等工具 。最后安装好R/Bioconductor,就可以开始工作了 。如果买了兼容机,可以安装上Linux/UNIX系统 。它在安装上R/Bioconductor之后基本上就可以了 。它的缺点是办公软件,绘图软件的安装 。最差的就是Windows了 。需要安装比如GCC编译器,make工具,mingw64, perl, zip/unzip, tar, wget, ghostscript等等 。
有了软件及硬件 , 接下来的工作就是了解一些常识以武装你的大脑,这是整个运行环境中最重要的一环 。首先 , 你需要学习了掌握UNIX常用命令,并且不反感字符界面 。其次学会安装,设置及构建网络服务,比如apache的websever,以及mysql的数据库服务 。第三安装及设置一个Galaxy 。当然,第二步及第三步可能会有难度,可以先使用Galaxy本身的服务,但是它有很多限制,所以最好还是自己安装一个比较好 。第四步,学习一门计算机语言,比如c, python, ruby, java等,还有一门脚本式语言工具 , 比如perl 。第五步,学习使用R/Bioconductor 。第六步,统计学 。
至此,你的NGS分析环境就设置完成了 。如果快的话,你可以两三个月就设置完成,达到起步的阶段,之后就是漫长的学习过程 。慢的话 , 四年本科也不一定学到多少 。
为什么很多科研工作者用unix/linux系统而不是windows做生物信息学linux速度快啊,很老的机器都可以跑linux,windows就不行
linux自由,可以自己裁剪、编译内核,可以自己定制、编译文件系统 , 可大可小 。很多路由器就几M的存储空间 , 可以运行linux,装个windows试试 。
linux有强大的命令行shell 。比如要替换所有文件中的某个关键词,一个命令就完成了 。
linux开放,本身源代码公开,linux上跑的绝大多数软件都是开源的
【windows系统做生信的简单介绍】linux是免费的
生物信息学中甲基化处理使用软件的Bismark是用Windows系统安装使用吗?最好在linux系统 , 多个线程跑 。在windows下,windows系统做生信你自己电脑吗?如果是windows系统做生信的话,内存占的有点大 , 而且临时文件近1T
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