本院审查后认为，对双方当事人有异议的事实认定如下：
2018年5月31日，海天公司项目部申请支付工程进度款2051605.26元 。工程监理机构陕西方宇工程咨询监理有限责任公司审核签章，华峰公司项目部及其工作人员于2018年6月14日分别签章确认 。2018年7月23日，海天公司项目部申请支付工程进度款22层以上主体结构工程款1058万元，工程监理机构陕西方宇工程咨询监理有限公司审核签章，华峰公司项目部及其工作人员于2018年7月27日分别签章确认 。
海天公司为本案诉讼支付保全申请费0.5万元，保全责任保险费8万元 。签订的律师代理合同载明，诉讼阶段律师代理费用70万元（原审审理过程中支付20万元，原审审判终结后支付15万元，并开具70万元发票） 。
对原审法院查明的其他事实有相关证据予以证明，本院予以确认 。
本院认为，本案争议焦点是：1.违约金应如何认定；2.质保金期限应如何认定，应否扣除76740元；3.原审案件受理费应如何承担，应否支持律师费、保全费等费用 。
（一）关于违约金应如何认定的问题
海天公司主张违约金计算标准应以《复工协议》约定“未付款项额日1‰的利息”为准；华峰公司则主张违约金应以实际损失为基础认定，举证责任应由海天公司承担，且已经承担800万元直接和间接损失，故应以年利率12%为标准进行计算，计算至民事调解书作出之日 。
本院认为，本案中，根据原审查明事实，华峰公司未能及时履行支付工程进度款和返还履约保证金等付款义务，导致案涉工程二次停工，其行为已构成根本违约，应当承担继续支付工程款、赔偿损失等违约责任 。
首先，根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释(二)》第二十九条规定,当事人可以对一方违约以后应当支付的违约金以及损失赔偿额的计算 *** 进行约定,人民法院根据当事人的请求，以违约行为造成守约方的实际损失为基础,对当事人约定的违约金是否过高或者过低进行判断，认定是否予以调整 。华峰公司主张违约金过高，究其本质是请求对双方合意的变更 。因此约定的违约金是否过高的举证责任，在法律没有相反的规定时，应由违约方华峰公司承担，华峰公司并未提交证据证明约定的违约金过高 。海天公司二审提交的证据亦不能证明华峰公司违约导致海天公司遭受的损失超过合同约定的违约金 。故海天公司、华峰公司该项上诉理由均不能成立，本院不予支持 。
其次，海天公司与华峰公司经协商于2018年3月8日签订《复工协议》，约定华峰公司支付自2016年12月至2018年3月8日停工期间造成的直接和间接损失800万元，2018年8月末20%、2018年10月末20%、2018年12月末60%分三期付清，逾期以未付款项额日1‰的利息承担违约责任 。本院认为，海天公司与华峰公司签订《施工合同》《复工协议》，均系真实意思表示，不违反法律、行政法规的规定，合法有效 。双方当事人对于前期违约损失的约定明确，华峰公司没有按期支付，应当承担违约责任 。
再次，根据双方当事人原审提交的证据及海天公司二审提交的新证据，可以证明复工期间形成的《会议纪要》、施工合同及多份联系单上“丁勇”的签名与“西安华峰置业有限公司项目部”印章对外产生法律约束力，2051605.26元工程量及1058万元工程量应认定为经华峰公司确认，予以计入违约金 。6924716元工程款系累计工程量5116万中扣除工程进度款后剩余工程款，华峰公司应付而未付，应予计入违约金 。
最后，双方当事人以民事调解书确认了华峰公司应付款的期限，华峰公司在付清应付款之前其违约状态一直在持续之中，故应当由华峰公司承担违约责任直到实际清偿之日 。
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